Doutor em cânones desde 1821. Nomeado lente-substituto em 31 de Julho de 1830, será demitido logo em 17 de Dezembro desse mesmo ano. Retira-se para a terra natal, Freixo, nos arredores da Lousã. Reintegrado em 14 de Julho de 1834, passa a assumir a cadeira de Direito público universal e das gentes. Deputado em 1838-1840 (faz parte da minoria cartista, com António Luís de Seabra, Joaquim António de Magalhães, jervis de Atouguia, Joaquim António de Aguiar e Oliveira Marreca) e em 1840-1842. Volta a Coimbra depois da subida ao poder de Costa Cabral. Critica publicamente a lei das rolhas de Costa Cabral em Fevereiro de 1850. Ministro da justiça dos históricos em 1857. Assume atitudes anticlericais na questão das Irmãs da Caridade. Amigo de Alexandre Herculano. Ministro da justiça de Loulé entre 14 de Março de 1858 e 16 de Março de 1859. Introdutor do krausismo em Portugal. Polémica com Rodrigues de Brito em 1869. Recusa o título de visconde do Freixo em 1870. Decide retirar-se da política depois da saldanhada de Maio de 1870.

A partir de 1843, começa a estruturar-se o chamado krausismo, essa mistura tipicamente peninsular entre o individualismo burguês e certa vulgata kantiana, introduzida pelas obras do professor da Université Libre de Bruxelas, Heinrich Ahrens  (1807-1874), seguidor dos princípios de Karl Friedrich  (1781-1832). Ferrer, grande amigo de Alexandre Herculano, foi o principal responsável pela formação de toda uma geração de juristas e homens de Estado da segunda metade do século XIX. Diz-nos Cabral de Moncada  que a respectiva filosofia foi a filosofia jurídica do liberalismo burguês, enxertada na cepa do velho jusnaturalismo racionalista e que tudo quanto de individualismo liberal se encontra na mentalidade e cultura jurídica portuguesas da segunda metade do século XIX, no seu culto apaixonado pela liberdade e pela propriedade, se não tem em Ferrer a sua primeira origem, tem pelo menos nele, seguramente, embora sem grande originalidade, o seu definidor dogmático e o seu filósofo mais autorizado. Trata-se de uma forma de filosofia intermediária para um povo que não seria um povo de filósofos, mas que adota a filosofia do bom senso, um pouco talvez com fraco voo nos domínios da especulação abstracta, mas em contrapartida, com tanto mais forte sentido das realidades e com profundas raízes emocionais, sobretudo de ordem religiosa e ideológica. Aluno de Soares Barbosa  no Colégio das Artes em Coimbra, bebeu a sua inspiração no jusracionalismo josefista austríaco, sobretudo através de Martini. E, invocando este humanitarismo do despotismo inteligente ou iluminado, conforme as sínteses de Luís António Verney.